พ.ศ. ๒๔๖๑ จัดตั้งขึ้นเป็น ศาลาแยกธาตุ (Government Laboratory) กระทรวงพระคลังมหาสมบัติได้รวมเอางาน วิทยาศาสตร์ซึ่งทําอยู่ในที่ต่าง ๆ มาไว้เป็นแห่งเดียวกัน จัดตั้งขึ้นเป็น ศาลาแยกธาตุ ใช้ชื่อภาษาอังกฤษว่า Government Laboratory สังกัดกรมพาณิชย์และสถิติพยากรณ์ และได้จัดสร้างสถานที่ใหม่กว้างขวาง เหมาะสมยิ่งขึ้นที่ถนนมหาราช ในบริเวณกรมทะเบียนการค้า กระทรวงพาณิชย์ปัจจุบัน กิจการของศาลาแยกธาตุได้เจริญก้าวหน้ามาเป็นลําดับจนได้เลื่อนฐานะขึ้นเป็นส่วนราชการเทียบเท่ากรม จนกระทั่งปี ๒๔๗๔ จึงได้มีเจ้ากรมคนแรกเป็นนักวิทยาศาสตร์ไทย คือ พระยาประสาทธาตุการย์